Il 17 agosto 1603, Federico Cesi riunisce nel palazzo di famiglia, in via della Maschera d'Oro a Roma, gli amici Anastasio de Filiis, Francesco Stelluti e Johannes van Heeck; insieme fondano l'Accademia dei Lincei. Sottoscrivono un Albo e adottano come emblema una lince con il motto Sagacius ista.
Si proclamano "discepoli della natura al fine di ammirarne i portenti e ricercarne le cause".
I termini e gli incarichi della collaborazione lincea vengono redatti da Cesi nel verbale della prima riunione dell'Accademia, il Primum Consilium Linceorum.
La vera essenza ideologica del sodalizio linceo viene espressa nel Lynceographum, l'ampio statuto programmatico del giovane nobile, ripetutamente sottoposto al giudizio e alle correzioni degli altri "fratelli".

Il 25 dicembre dello stesso anno ha luogo l'inaugurazione solenne dell'Accademia, con una cerimonia nella quale Cesi, eletto Princeps perpetuo, consegna a ciascun affiliato una collana d'oro con un pendente a forma di lince, in seguito sostituita da un anello di smeraldo.