Johannes van Heeck nasce a Deventer nei Paesi Bassi il 2 febbraio 1579 da un'agiata famiglia cattolica. Nella città natale trascorre la prima adolescenza, ricevendo un’educazione completa: studia il latino e il greco, l’astronomia e l’astrologia oltre ad acquisire nozioni di teologia. In seguito alla persecuzione calvinista fugge dalla madre patria e si rifugia in Italia, l’unica terra in grado di garantire una certa sicurezza ai cattolici come lui. A Perugia, nel 1601, consegue la laurea in medicina e subito dopo inizia a esercitare la professione, prima a Maenza, presso i Caetani successivamente a Scandriglia, vicino Rieti, nel feudo del duca Giovanni Corsini, dove, suo malgrado, è protagonista di una complicata vicenda

"L'Eckius curava i suoi malati, prevalentemente poveri, con ardente spirito apostolico, e nello stesso tempo erborizzava, confezionando medicine con i semplici. Per questa ragione entrò in conflitto con lo speziale di Scandriglia, un certo Ranieri Casolini, che speculava sulla vendita di medicine dai nomi esotici, più magiche che scientifiche. Lo speziale concepì un odio cupo e feroce contro quel giovane medico straniero, che cercava di rovinare il suo florido commercio. Una sera si appostò lungo il cammino che quegli percorreva abitualmente e lo aggredì mentre era solo, a cavallo, intento a recitare l'Offizio. Colpito ripetutamente da scariche di pietre, Giovanni reagì: scesa da cavallo e affrontò con la scimitarra il suo aggressore. Quindi, ancora sanguinante per le ferite riportate, si costituì al magistrato. Malgrado fosse evidente la legittima difesa, venne posto e trattenuto in carcere, molto più che lo speziale morì poco tempo dopo, in seguito alle gravi lesioni riportate. Cosicchè l'Eckius sarebbe rimasto a marcire in prigione se non fosse intervenuto a liberarlo Francesco Stelluti, inviato da Federico Cesi. "

(Ada Alessandrini, Francesco Pessuti Linceo da Fabriano, 1986)

La difficile vicenda sarà cruciale per consolidare la grande amicizia tra Johannes e il giovane Federico Cesi e per favorire, da lì a poco, la nascita dell’Accademia dei Lincei. Ma soprattutto sarà con lo Stelluti che l’Illuminato, questo è il nome che il medico di Deventer prende all’interno dell’Accademia, darà vita a un legame forte e profondo. Il carattere impetuoso e appassionato, contemplativo e misticheggiante di van Heeck ben si completa con quello più tranquillo, riflessivo e prevalentemente rivolto alla matematica del Tardigrado, come viene chiamato lo Stelluti in seno ai Lincei. Tali differenze vengono sottolineate, all'interno del Proponimento Linceo, dai soprannomi e dai motti che i Lincei scelgono per caratterizzare il loro operato.

Tuttavia, nella primavera del 1604, il padre di Federico, uomo piuttosto rozzo e ignorante, allarmato dal comportamento da setta esoterica dei quattro amici e dall'influenza che lo stravagante van Heeck esercita sul figlio, denuncia l'ospite straniero al Santo Uffizio. Sotto pressioni e intimidazioni, il gruppo si scioglie e van Heeck inizia a viaggiare per l’Italia, prima a Siena, Pisa e Firenze, poi a Milano e a Torino, dove conosce Giovanni Botero alla Corte di Carlo Emanuele I. Attraversa, in seguito, le Alpi e inizia un lungo peregrinaggio attraverso numerose terre, dall'Inghilterra, alla Norvegia, dalla Francia alla Polonia passando per la Germania e la Boemia. In uno dei suoi vagabondaggi, viene assalito da briganti e è costretto a ingoiare l'anello linceo per evitare che cada nelle mani dei suoi aggressori

" Anco inghiottii la Lince, quale mi è rerstata in corpo e mi da non poco travaglio, né so che di ciò sia per avvenire; mi trovo si bene indispostissimo"
( Lettera a Cesi del 19 dicembre 1604)

Durante i suoi viaggi non trascurerà mai di annotare le sue osservazioni, per poi poterle comunicare agli amici rimasti in Italia. La Biblioteca di Montpellier possiede i frutti di questo lavoro, conservando alcuni taccuini di viaggio da lui intitolati Fructus itineris ad Septentrionales.

A Praga, presso la corte di Rodolfo II, il van Heeck trova un ambiente ricco e stimolante oltrechè un monarca illuminato, generoso e inclinatissimo alle cose Lyncee

"Deliri di alchimisti, oroscopia genetliaca, elisirvite, e pietra filosofica, Thyco Brahe e Keplero, la Viuzza d'oro, le fisionomie ortolane e bellissime dipinte dall'Arcimboldo, Rabbi Löw con suo omuncolo Golem, il ghetto spaurito e sbilenco, l'antico cimitero ebraico, la Kunstkammer dell'imperatore: ecco le componenti e le immagini di quel maleficio, di quel caleidoscopio che chiamiamo Praga rodolfina"

(Angelo Maria Ripellino, Praga Magica)

Nell'ottobre del 1605 il naturalista di Deventer, torna in Italia, ma non potendo soggiornare a Roma è ospite prima dello Stelluti, poi di Federico Cesi, il Celivago. Solo nel 1606 van Heeck può ritornare a Roma, dove però rimane ben poco. Senza pace l'olandese abbandona nuovamente l'Italia.
Con una lettera,da Madrid, datata 2 giugno 1608 indirizzata a Stelluti e firmata amicus et frater Monurus, comunica al grande amico una sorprendente notizia: il Monuro, nome arabizzato dell'Illuminato, si è innamorato e vuole sposarsi.

"Non arrossire, Tardigrado, se ascolti che un filosofo sa amare…Quindi o mio Tardigrado, non tardare a scrivermi il tuo placet. Anche lei ti ama e con molta umiltà ti saluta"

Non ci è dato sapere come è andato a finire il grande amore del van Heeck. Sta di fatto che il 26 luglio del 1614 ricompare a Roma, accompagnato in mezzo ai Lincei dallo Stelluti.
Il sodalizio dell'Illuminato con gli Accademici dura ancora un paio di anni, fino a quando nella seduta accademica del 24 marzo del 1616 viene escluso dal gruppo dei Lincei per squilibri mentali

"In questo medesimo colloquio il Signor Giovanni Heckius fu temporaneamente escluso dalle adunanze lincee, per difetto di mente (quod mente sit inquietus), finchè non ritorni in salute" (Verbale dei Lincei del 24 marzo 1616).

Da questo momento non si hanno più notizie del naturalista olandese e la data e il luogo della sua morte rimangono sconosciute.