Tre anni dopo la morte di Federico Cesi, il 22 giugno 1633, Galileo Galilei in abito da penitenza pronuncia davanti ai Cardinali della Congregazione una pubblica abiura: " con cuore sincero e fede non finta abiuro, maledico e detesto li suddetti errori et heresie"
La lenta ma inesorabile opera della "congregazione di Teologi irati", come avrebbe avuto modo di scrivere Tommaso Campanella di lì a poco, ha avuto il suo epilogo con la resa di Galileo.

Che lo scontro tra lo scienziato e la Curia Romana fosse ormai prossimo alla fine andava già manifestandosi nell'agosto del 1932, quando giunse dall'Inquisizione l'ordine di sospendere la vendita del capolavoro galileiano Dialogo sopra i due Massimi Sistemi.
L'opera era già stata alle stampe nel marzo del '32 con grande fermento e successo di pubblico, anche se avrebbe dovuto essere pubblicata a Roma, sotto l'egida dell'Accademia ma, come scrisse Galileo il 7 marzo del 1631 ad Andrea Cioli:
"Sopraggiunse la morte di esso principe [ Cesi, n.d.r]…talchè lo stampar l'opra in Roma fu impedito, onde io presi partito di stamparla qui. " ( Carteggio Linceo n. 1020, pag 1227).

Con la morte del princeps dell'Accademia a Galileo venne a mancare il fidato consigliere, l'amico dai saggi consigli, l'abile e accorto politico che aveva traghettato i Lincei, e Galileo, attraverso le selve di un ventennio ricco di soddisfazioni ma anche di grandi difficoltà, non ultima quella che investì l'accademia nel 1616, anno in cui l'Inquisizione richiamò con una certa fermezza Galileo a pensieri e ragionamenti più consoni alle Sacre Scritture.

A pochi mesi di distanza dall'ordine di sospensione, nel dicembre del 1632, sopraggiunse l'ordine di Urbano VIII che intimava a Galileo di presentarsi a Roma di sua volontà se non voleva esservi condotto legato anco coi ferri.

Durante l'impari lotta tra il solo Galileo e la Chiesa romana, l'Accademia, che con la scomparsa di Cesi si era trovata senza guida, viene lasciata fuori da qualsiasi disputa senza mai essere menzionata in alcuna circostanza, anche perché tra le sue fila figura ancora il nome del nipote del pontefice, Francesco Barberini.