Il 24 luglio 1943 nella seduta del Gran Consiglio Luigi Federzoni, presidente dell'Accademia d'Italia dal 1938, firma l'ordine del giorno Grandi. Il mese successivo presenta le proprie dimissioni dall'Accademia.

Con il 25 luglio, in un quadro politico profondamente mutato e assai incerto, l'istituzione voluta da Mussolini nel lontano 1926 interrompe ogni attività.

Dopo l'8 settembre, l'Accademia d'Italia sposta la propria sede a Firenze e, due mesi dopo, ne assume la presidenza Giovanni Gentile. La nomina risale al 20 novembre mentre l'insediamento ufficiale avviene pochi giorni dopo, esattamente il primo dicembre.

La nomina di Gentile, tuttavia, non piace alle componenti più estreme dei fascisti, rimasti piuttosto delusi da un precedente discorso del filosofo, tenutosi il 24 giugno in Campidoglio, nel quale aveva esortato il popolo italiano a stringersi attorno al regime, in un momento particolarmente difficile per la Patria le cui sorti belliche erano da tempo segnate.
Respinto da una parte del regime e combattuto dagli oppositori, il progetto di Gentile di promuovere una politica di “pacificazione” delineato nel discorso di giugno, pervio consenso del Duce, nasce sotto tristi presagi.

All'alba della primavera del 1944, il 19 marzo, Gentile inaugura l'attività dell'Accademia d'Italia della repubblica di Salò a Palazzo Serristori. Alla presenza di soli nove soci e di alcuni ministri del governo repubblichino Gentile tiene il discorso di apertura commemorando Vico nel secondo centenario della morte.

Sebbene deluso dall'andamento delle cose, si adopera per dare una riforma all'Accademia d'Italia e, al contempo, ricostituire l'Accademia dei Lincei che, dal 1939, era stata inglobata dall'accademia di Mussolini.
La riforma sul riordinamento dell'Accademia d'Italia viene approvata con Decreto Legislativo del Duce del 30 marzo 1944.
Nella Gazzetta Ufficiale del 14 settembre all'articolo 5 si legge:

“ Ai fini del coordinamento degli studi e dei lavori scientifici ed artistici e per l'incremento dei medesimi, sono aggregate all'Accademia d'Italia, conservando completa autonomia di organizzazione e di funzionamento, le seguenti accademie: [segue elenco accademie tra le quali]

6)Accademia Nazionale dei Lincei di Roma, che viene ricostituita sulla base delle norme vigenti anteriormente la legge 8 giugno 1939-XVII, n. 755…”

 Il progetto di Gentile non vedrà mai la luce, ed egli stesso era già stato ucciso il 15 aprile del 1944 da un gruppo di gappisti.