L'attività della ricostituita Accademia dei Lincei riprende a tutti gli effetti nel gennaio del 1946 sotto la presidenza congiunta di Guido Castelnuovo e Luigi Einaudi.
Il 30 aprile una lettera della presidenza inviata a tutti i soci espone i propositi di riprendere rapidamente la vita accademica a partire dalle sedute ordinarie e dalle pubblicazioni principali.

Il 17 ottobre Castelnuovo inaugura ufficialmente il primo anno accademico commemorando Vito Volterra:

“Parve alla Presidenza di questa Accademia che il miglior modo per celebrarne la rinascita fosse quello di rievocare la figura di uno dei Soci più illustri, che fu pure uno dei suoi più autorevoli presidenti. In momenti di smarrimento ed incertezza come quello che oggi attraversiamo, dopo la immane catastrofe che si è abbattuta sul nostro paese, giova ispirarsi al ricordo dei grandi che ci precedettero e trarre dal loro esempio suggerimenti intorno alla via da seguire”

Castelnuovo e Einaudi si impegnano a risanare le casse dell'Accademia, piuttosto provate dalle pendenze lasciate dall'Accademia d'Italia nonché dal personale in esubero ancora a carico dei Lincei. A questo proposito Einaudi avrà modo di scrivere nel '47:

“L'unica entrata appezzabile dell'Accademia è la dotazione governativa, la quale sinora è quella stessa della soppressa Accademia d'Italia, ossia 5 milioni e 600 mila lire. Ragguardevole entrata prima della guerra, oggi non bastevole a pagare gli stipendi di una modesta quota dei settanta….Da quali fonti l'Accademia dovrebbe trarre i mezzi per far fronte al sovrappiù? Ed a provvedere alle riparazioni del costoso palazzo e di quelli della Farnesina ed alla illuminazione e riscaldamento di esso? Per tirare innanzi, l'Accademia sta consumando i fondi suoi disponibili…Le briciole cadute dal banchetto dei lavoranti a costi superiori ai ricavi basterebbero a consentire ad istituzioni secolari di adempiere al loro ufficio…Spendere tutti i redditi dell'istituto per pagare gli impiegati vuol dire non produrre nulla. La produzione di un istituto di cultura sono i volumi di memorie che esso pubblica…”

(Articolo di Luigi Einaudi, in Risorgimento Liberale, 15 maggio 1947)

Non ultimo l'Accademia si impegna a riallacciare i rapporti con tutte quelle istituzioni culturali internazionali che “un malinteso nazionalismo” aveva allontanato dalla sfera dei Lincei.
In questo contesto si colloca il desiderio di riprendere tutti i contatti con i soci stranieri, tra i quali spicca Albert Einstein, dimessosi nel dicembre del 1938.
Così Raffaello Morghen, cancelliere dell'Accademia, ricorda la figura e l'operato di Castelnuovo:

“Se è indubbio che l'autorità di Benedetto Croce e di Luigi Einaudi molto giovò alla Accademia, nel momento difficile della sua rinascita, è giusto riconoscere che l'effettivo restauratore dei Lincei fu Guido Castelnuovo, il quale, col prestigio del suo nome di scienziato, […], con l'opera infaticabile di presidente, impegnato giorno per giorno a risolvere le più gravi questioni della vita accademica, riuscì a riportare l'Accademia dei Lincei al livello delle sue tradizioni, […]Custode geloso delle tradizione, aveva nondimeno la sensibilità viva delle necessarie aperture verso l'avvenire…”

A partire dal 1947 l'Accademia si pone come punto di riferimento nel processo di ricostruzione e crescita economica del Paese, come si legge anche nella lettera del '46:

“Nel difficile periodo che l'Italia attraversa crediamo nostro dovere di offrire al Governo il concorso del'Accademia nell'opera per il risanamento morale e materiale del nostro Paese, col desiderio e la speranza che la nostra consulenza venga accolta in tutti quei problemi ove la competenza dei nostri soci possa rivelarsi utile.”

Nel tribolato dopoguerra, i Lincei si adoperano per favorire la discussione sui problemi fondamentali per lo sviluppo culturale e scientifico dell'Italia, stimolando il mondo politico su temi come la tutela del territorio, i diritti umani, il ruolo delle tecnologie, i beni culturali.

In tutte le problematiche più significative del XX secolo, la rinata Accademia Nazionale dei Lincei rivolgerà il suo più profondo interesse, tornando a essere quella istituzione culturale di elevatissima statura internazionale nonché punto di riferimento nella crescita culturale del paese.