Dopo i fatti del 1934 che avevano indotto alcuni soci a lasciare i Lincei, un nuovo depauperamento colpisce le fila dell'Accademia, in seguito alle leggi razziali imposte dal governo.

Il 14 luglio 1938 il “Manifesto degli scienziati italiani” proclama l'appartenenza del popolo italiano alla razza ariana e l'estraneità degli ebrei alla comunità nazionale. Successivamente il R.D.L n o 1381 detta provvedimenti “nei confronti degli ebrei stranieri” e il n o 1390 da disposizioni per la “difesa della razza nella scuola fascista”.
Supportate da una tambureggiante campagna di stampa, le leggi razziali vengono applicate con particolare zelo negli istituti culturali.
Il grande prestigio non basta all'Accademia dei Lincei per evitare che i suoi soci vengano colpiti dalle imposizioni del governo e molti di loro vengono espulsi “perché non appartenenti a razza ariana ”.

Nella lista c'è anche Guido Castelnuovo, figura attorno alla quale l'Accademia dei Lincei sarebbe rinata al termine della guerra.
Per protestare contro le leggi razziali, Albert Einstein, socio straniero dal 1921, scrive una lettera con la quale si dimette da socio dell'Accademia, mentre Fermi, socio corrispondente dei Lincei dal luglio del 1932 e dell'Accademia d'Italia, si trasferisce negli Stati Uniti subito dopo aver ricevuto il Premio Nobel per la fisica.
Due anni più tardi, l'11 ottobre 1940, muore Vito Volterra, già pesantemente colpito insieme alla famiglia dai provvedimenti di natura politica oltrechè razziale.
La scomparsa di una delle figure più illustri della cultura italiana passa pressoché inosservata: nessuna delle istituzioni scientifiche italiane ha il coraggio di commemorare il grande matematico, eccezion fatta per la commemorazione tenuta da Carlo Somigliana nell'Accademia Pontificia.