Il 18 ottobre del 1948, Luigi Einaudi, Capo dello Stato, invia una lettera al presidente dei Lincei, Guido Castelnuovo, invitandolo a continuare la tradizione dei premi nazionali, riallacciandosi alla tradizione dei Premi Reali, istituendo i premi del Presidente della Repubblica.
Socio linceo dal 1906, Vicepresidente dell'Accademia dal 1946, nonché ministro del Bilancio dal giugno 1947 al maggio 1948, Einaudi, oltre a rinnovare al sodalizio il mandato di assegnare i premi, si adopera per aiutare le disastrate casse dell'Accademia, pressoché priva di mezzi e risorse per adempiere con continuità al suo alto incarico culturale.

Nella relazione del presidente Castelnuovo del 9 giugno 1949 si può leggere:

“L'Accademia ha destinato tutti i mezzi finanziari di cui poteva disporre, compreso il generoso sussidio largito dal Consiglio Nazionale delle Ricerche ad uno dei suoi compiti fondamentali: la pubblicazione di opere interessanti la nostra cultura. Abbiamo potuto così diffondere in tutto il mondo, col mezzo dei Rendiconti e delle Memorie delle nostre due Classi, scritti scientifici di soci e di stranieri…La scarsità dei nostri mezzi ci impedisce purtroppo di adempiere un'altra delle funzioni essenziali dell'Accademia: l'invio all'estero dei nostri rappresentanti ai Congressi e alle varie manifestazioni culturali a cui l'Accademia è invitata…Richiamiamo l'attenzione del Governo sui gravi danni di questa assenza del nostro paese…”

Il 12 maggio, nella ricorrenza dell'assunzione alla carica di Einaudi, l'Accademia conferisce per la prima volta i Premi del Presidente della Repubblica: il premio Nazionale Generale per la Classe di Scienze Fisiche, Matematiche e Naturali va al professore Oliviero Mario Olivo, il premio Nazionale per la Fisica a Giuseppe P. S. Occhialini, il premio Nazionale Generale della Classe delle Scienze Morali Storiche e Filologiche a Rodolfo Mondolfo mentre quello per l'Archeologia a Carlo Anti.

Tra i concorrenti al premio, accanto a contributi notevoli, si segnalano proposte quantomeno curiose che l'Accademia non esita a stroncare anche con parole dure, come nel caso del premio Generale per le scienze morali:

“Tutti quanti gli scritti presentati da questo gruppo [cinque concorrenti immediatamente scartati n.d.r], sia per la natura, e talora la stranezza, del tema trattato sia per evidente difetto di preparazione scientifica risultarono tali che la Commissione non credette il caso di prenderli in considerazione. La Commissione è costretta anzi a rilevare la leggerezza con cui taluno di questi concorrenti, con un bagaglio alquanto meschino, ha ritenuto di poter prendere parte ad una gara di tanta importanza come quella di un premio nazionale…”

Non meno sferzanti alcuni giudizi sui lavori presentati nell'ambito del premio per la classe di Scienze Fisiche, Matematiche e Naturali; accanto a nomi quali Occhialini, Gilberto Bernardini o Bruno Ferretti, appaiono concorrenti i cui lavori “sono privi di fondamento” o “non arrecano…contributi scientifici degni di rilievo” o “possano considerarsi “ di benché minimo valore scientifico ”.

Nella stessa relazione di apertura dell'adunanza generale si anticipa che a partire dal 1950, accanto ai quattro premi nazionali, di cui due generali, un terzo per la chimica e il quarto per la Critica dell'arte e della poesia, sarà conferito per la prima volta il premio della Fondazione Feltrinelli.