Giuseppe Gabrieli nasce il 4 aprile 1872 a Calimera, in Puglia, secondo di sei figli di Vito Gabrieli e Addolorata Macchia. Durante gli anni del liceo (1888-1891) si distingue nello studio delle discipline letterarie e, negli ultimi anni del liceo, matura la scelta di dedicarsi espressamente alle lingue e civiltà orientali. Nel 1891 si iscrive, perciò, alla Facoltà di Lettere dell'Università di Napoli e nello stesso anno inizia lo studio della lingua araba.

Dal 1893 si iscrive all'Istituto di Studi Superiori di Firenze dove si dedica con particolare dedizione allo studio dell'arabo e dell'ebraico.

Nel 1895 consegue la laurea in Lettere con una tesi su: "I tempi, la vita e il canzoniere della poetessa araba Al-Hansà", pubblicata nel 1899 a Firenze. Nello stesso anno consegue a Napoli il diploma di arabo presso l'Istituto Orientale. Insegna nei licei e nel biennio 1900-1902 è preside del Liceo-Convitto di Maglie.

Nel 1902, dopo aver vinto il concorso come Bibliotecario della Reale Accademia dei Lincei, si trasferisce a Roma, a Palazzo Corsini, insieme alla moglie, Carla Prati.

Nel 1915 consegue la libera docenza di Lingua e Letteratura Araba nella Regia Università di Roma.

Prolifico scrittore, la sua bibliografia è molto vasta e spazia dagli studi orientalistici, di carattere filologico e letterario, a quelli eruditi, bibliografici e storico-culturali relativi, in particolare, ai rapporti tra l'Oriente mussulmano e l'Occidente cristiano. Dal 1918 in poi collabora con il Duca Leone Caetani, che nel 1924 gli affida la sua preziosa Biblioteca prima di espatriare in Canada.

Fondamentali restano i suoi saggi sulla storia dei primi lincei e in generale sulla cultura del Seicento italiano. E' inoltre l'autore della pubblicazione integrale del "Carteggio linceo della vecchia Accademia di Federico Cesi", un repertorio di fonti unico per la ricostruzione delle vicende della prima Accademia.

Durante il periodo fascista, dopo la soppressione nel 1939 della Reale Accademia dei Lincei, viene riconfermato primo Bibliotecario della Reale Accademia d'Italia.

Muore nel 1942, all'età di settanta anni.