Nel gennaio del 1926 Mussolini si fa promotore della creazione ex novo di un'accademia nazionale che fosse in sintonia con la politica culturale del regime: l'Accademia d'Italia.
I Lincei, d'altronde, si erano dimostrati piuttosto insofferenti nei confronti delle ingerenze fasciste e l'elezione di Volterra, nel 1923, era una chiara manifestazione di indipendenza politica, acuita, in seguito, dalle nette prese di posizione di molti accademici nei confronti della “Riforma Gentile”.
L'istituzione dell'Accademia d'Italia delegittima, di fatto, il ruolo dei Lincei.
Il pericolo è evidente e alcuni soci preoccupati dall'evolversi dei fatti inducono Volterra a dimettersi dalla presidenza dei Lincei.
Egli, sconfortato, pare convincersi che quella è la soluzione migliore e scrive una lettera nella quale esprime l'intenzione di rinunciare alla presidenza dei Lincei:

“ Roma, Febbraio 1926

Sento che in questo momento la mia persona alla direzione dell'Accademia può non riescirle utile e questa opinione mi è stata pure manifestata da alcuni soci.
Mentre ringrazio i colleghi della fiducia che mi hanno sempre dimostrata alla quale ho cercato di corrispondere nel miglior modo che mi è stato possibile li prego di voler accettare la mia rinunzia alla Presidenza .”
(Acc. Lincei, Archivio Volterra, s. 3, fasc.[XIV/1])

Molti autorevoli soci, tuttavia, esprimono il loro rammarico per la decisione di Volterra e lo esortano a ritornare sui suoi passi:

“ Carissimo Volterra,

Il sen. Ruffini mi ha detto oggi che avevi a lui manifestata l'intenzione di presentare le dimissioni dalla Presidenza dei Lincei, a cagione della situazione che si è determinata colla fondazione dell'Accademia d'Italia. Io non so quanto possa valere il mio consiglio; ma per l'amicizia che sento, non posso a meno che pregarti di non fare un tal passo, che sarebbe nocivo all'Acc. Dei Lincei e non giustificato da parte tua. Così pensa anche Ruffini e io credo che egli abbia veduto giusto, e che convenga seguire le direttive. Con cordiale amicizia.

 tuo aff.mo
C. Somigliana

 (C. Somigliana a Vito Volterra, Torino, 7 febbraio 1926. Acc. Lincei, Archivio Volterra. s. 1, fasc. 1242, lett. 151)

Il moto di solidarietà da parte di soci e amici ha il suo effetto e Volterra decide di ritirare la lettera, tuttavia, visto che il suo mandato sarebbe scaduto nel giugno successivo, rifiuta di candidarsi per quello nuovo.
Al suo posto viene eletto Vittorio Scialoja che, alla presenza del Re, apre l'adunanza solenne del 5 giugno 1926 con queste parole:

“ Sire, Graziosa Regina

Alla seduta d'oggi, onorata dall'augusta presenza della M.V. e della graziosa Regina, avrebbe dovuto riferire sui nostri lavori il senatore Volterra, che per tre anni presiedette questa Accademia con alto intelletto, con animo fervente, con zelo quotidiano. Disgraziatamente una indisposizione gli vieta di essere tra noi. Ma le iniziative a cui diede vita o impulso parlano per lui e lo rendono qui presente.

Consapevole delle gloriose tradizioni della nostra antichissima Società scientifica, sorta or sono più di tre secoli per stringere rapporti fra cultori e varie discipline, il Volterra si adoperò ad accrescerne il prestigio coll'intensificare e largamente diffondere le pubblicazioni accademiche, scopo principale della nostra attività, col partecipare ad indagini di carattere internazionale, e col mettere in maggior valore i tesori che racchiude questo palazzo ”.