Nel 1891, la Reale Accademia dei Lincei avvia un progetto molto ambizioso: l'edizione dei Codice Atlantico di Leonardo.

“... Fu invece un'impresa comune di filologi, matematici e storici della scienza l'edizione del Codice Atlantico di Leonardo da Vinci, avviata nel 1891: i manoscritti di Leonardo, pur conosciuti e studiati per secoli, erano infatti rimasti inediti fino alla fine dell'Ottocento; fra il 1881 e il 1891 venne pubblicata a Parigi l'edizione dei dodici taccuini requisiti dai francesi a Milano nel 1796 e conservati presso l'Institut de France. In Italia si iniziò allora a progettare l'edizione integrale delle carte vinciane, a partire dal Codice Atlantico della Biblioteca Ambrosiana. L'iniziativa, patrocinata e finanziata dal Re e dal governo, venne affidata nel 1885 all'Accademia dei Lincei, che conferì la direzione del lavoro a Gilberto Govi; questi morì nel 1889, dopo aver impostato la fase preparatoria del lavoro, e venne sostituito da Giovanni Piumati, sotto la cui guida l'edizione, affidata al milanese Ulrico Hoepli, venne realizzata tra il 1894 e il 1904, segnando fra l'altro l'avvio dei lavori della Commissione Vinciana ” (G. Paoloni)

Il progetto editoriale prevede la riproduzione fotografica dell'intero Codice, effettuata in eliotipia, e una doppia trascrizione del testo leonardiano, l'una letterale e rispettosa della grafia originale, l'altra modernizzata dal punto di vista ortografico, così da facilitare la comprensione al lettore contemporaneo.

Il progetto è monumentale per difficoltà, non soltanto sul piano della preparazione scientifica ma anche per la realizzazione editoriale.
L'opera finale, pubblicata in tiratura limitata di sole 280 copie, viene messa in commercio a dispense non rilegate da conservare in otto custodie, quattro destinate alle tavole e quattro ai testi.
La carta, sulla quale è stampata l'opera, viene fatta appositamente fabbricare a mano dalle cartiere di Fabriano.