Il linceo tedesco Johann Faber nasce a Bamberga in Baviera nel 1574, da genitori protestanti. Rimasto orfano a un anno, a causa di un'epidemia di peste, viene educato alla fede cattolica dal cugino Philip Schmidt.
A Bamberga frequenta il ginnasio, mentre a Wurzburg svolge gli studi universitari, laureandosi in Medicina nel 1597. Per approfondire gli studi si trasferisce a Roma nel 1598, dove svolge la pratica medica nell'ospedale di Santo Spirito in Sassia, nel rione Borgo. Diviene assistente dei medici Andrea Cesalpino e Andrea Bacci. Pratica studi di anatomia direttamente sul corpo umano, collaborando con Angelo Colio, aprendo così nuovi orizzonti a una pratica che fino ad allora era rivolta quasi esclusivamente alla sperimentazione sugli animali.
Nel 1600 il medico tedesco succede ad Andrea Bacci alla facoltà di Medicina della Sapienza, e ottiene la cattedra di Botanica e il lettorato di anatomia. Nello stesso anno viene nominato direttore dell'orto botanico pontificio.
Grazie ai nuovi impegni frequenta sempre più spesso la corte papale tanto da divenire un punto di riferimento per i suoi conterranei per ogni questione diplomatica. Nel frattempo coltiva profondi interessi artistici e botanici, divenendo uno dei più celebri collezionisti dell'epoca.

Nella sua casa romana, vicino al Pantheon, il Faber forma una collezione di naturalia, raccogliendo varietà di animali, vegetali e minerali: si tratta di più di cento scheletri, tra cui i crani di una tigre e di un leone, uno scheletro di topo ermafrodito, un piccolo coccodrillo. Questa particolare raccolta viene ritratta dal suo amico pittore e incisore Teodoro Filippo de Liagno (che si firma anche Filippo Napoletano), ospite assiduo del Faber. Con questi singolari disegni e incisioni verrà in seguito realizzata una pubblicazione di 18 tavole, raffiguranti scheletri di animali e di esseri umani. Nel frontespizio del volume vi è l'incisione di uno scheletro umano alato con clessidra, appoggiato a una pietra sulla quale è incisa la dedica: ' Giovanni Fabro / lynceo Philosopho, Medico et Semplicista / Di sua Santità / Se ne viene a V.S. la presente fatica, come / rivolo al mare, tornando alla sua prima / scaturigine Contentisi V.S. che le faccia / dono delle cose sue '.

Non trascura gli studi scientifici, che lo portano a intessere numerosi rapporti epistolari con scienziati e artisti italiani ed europei, tra cui il belga P.P. Rubens, al quale viene attribuito un ritratto del Faber.
Nel 1608, per conto di papa Paolo V, va a Napoli con il compito di raccogliere piante rare per i giardini vaticani. A Napoli conosce e lavora, tra gli altri, con Ferrante Imperato, Giovambattista Della Porta e Fabio Colonna. Durante il soggiorno nella città partenopea, durato due mesi, frequenta spezierie, musei naturali, orti botanici, giardini, incontra intellettuali con i quali discute di temi che spaziano dalla mineralogia alla spagirica, dalla fisiognomica all'astrologia, dalla botanica alla biologia e alle scienze mediche.
Nel 1608 il Faber ottiene la cittadinanza romana e sposa Maria Anna Hyrler, di origine tedesca, da cui ha numerosi figli; solo tre di loro, però, sopravviveranno: Maria Vittoria, Maria Maddalena e Giano Domenico.
Stringe una profonda amicizia con il botanico e farmacista Enrico Corvino, il cui giardino è celebrato come il più bello e raro della città. La sua passione per la botanica lo avvicinerà a Federico Cesi e ai suoi compagni, con i quali compie numerose escursioni botaniche nel Lazio. Aderisce all'Accademia dei Lincei il 29 ottobre 1611 e il 23 aprile 1612 viene nominato Cancelliere. E' lui a suggerire il nome di 'microscopio' per il nuovo strumento, 'l'occhialino', regalato da Galileo al Cesi.

Incaricato insieme agli altri soci lincei di lavorare all'edizione del Tesoro Messicano, pubblica in anteprima nel 1628 il proprio contributo: Animalia Mexicana.

Muore a Roma il 17 settembre 1629. Viene sepolto nella chiesa di S. Maria dell'Anima, accanto alla moglie, morta due anni prima.